आजम खान पर इससे पहले बकरी चोरी और सरकारी जमीन को कब्जे में लेकर मौलाना मोहम्मद जौहर अली विश्वविद्यालय में मिलाने जैसे आरोप लगे थे। इसके अलावा प्राचीन किताबों की चोरी का भी आरोप आजम खान पर लगा था। उनपर योगी सरकार के दौर में एक के बाद एक 90 से ज्यादा केस दर्ज हुए।